La hipótesis del Planeta Nueve no está exenta de controversia. Mientras algunos astrónomos consideran que la evidencia es suficientemente fuerte, otros sostienen que los patrones de los objetos transneptunianos pueden explicarse sin la necesidad de un planeta desconocido. La teoría principal detrás de la existencia del Planeta Nueve se basa en las agrupaciones orbitales inusuales de cuerpos transneptunianos, pero algunos investigadores, como Renu Malhotra de la Universidad de Arizona, argumentan que los datos observacionales actuales son limitados y pueden estar sesgados, ya que solo se han identificado los cuerpos más brillantes y cercanos a sus puntos de órbita más cercanos al sol. Malhotra señala que si se pudieran observar más objetos de esta categoría, sería posible determinar si realmente están agrupados de la manera que los defensores del Planeta Nueve sugieren.